Āfrikas lielajām upēm un ezeriem ir ļoti svarīga loma kontinentam, jo tās tiek izmantotas tā laistīšanai un apūdeņošanai. Lielajās upēs izveidotas vairākas ūdenskrātuves, kuru kopējais tilpums pārsniedz piecpadsmit kubikkilometrus. Lielākie no tiem ir tādi kā Nasser, Kariba un Volta. Lielākā daļa lielo ezeru atrodas Austrumāfrikas plato, un tiem ir ievērojams dziļums. Piemēram, Tanganyika šajā rādītājā uz visas planētas ir otrajā vietā aiz Baikāla. Tā dziļākā vieta atrodas 1470 metru attālumā no ūdens virsmas. Lielākais ezers kontinentā ir Viktorija.
Vērtējums "Lielākās upes Āfrikā", ko vada Nīla. Tā kopējais garums ir 6671 km. Tas sākas Kageras upes formā un, izejot cauri vairākiem ezeriem, ar B altās Nīlas nosaukumu iztek no tiem. Tālāk, netālu no Hartūmas pilsētas, tajā ietek Zilā Nīla, kas izplūst no Tanas ezera, kas atrodas Etiopijas augstienē. Savienojušās vienā veselumā, šīs lielās Āfrikas upes veido ļoti plašu tecējumu, ko sauc par Nīlu. Tās augštecē ir liels skaits ezeru, ūdenskritumu un krāču. Līdzenumā parādās daudzas pietekas un zari, un tāpēc ieleja kļūst diezgan purvaina. Aiz purviem, lejtecē, gar krastiem no šaurām koku joslām veidojas savdabīgs zaļais koridors. Uz dzelteno tuksnešu fona tas izskatās diezgan kontrastējoši.
Nozīmīgu upes daļu ieskauj bezūdens tuksnesis. Neskatoties uz to, Nīla vienmēr ir pilna, īpaši vasarā un rudenī. Tāpat kā citām lielākajām Āfrikas upēm, tai ir liela nozīme lauksaimniecībā. Fakts ir tāds, ka pēc ūdens samazināšanās paliek dūņu slānis, kas apaugļo zemi. Tas ļauj iegūt pienācīgu ražu. Nav pārsteidzoši, ka Nīlas ieleja pirms vairākiem gadu tūkstošiem kļuva par īstu cilvēces šūpuli. Pateicoties viņam, tieši mūsdienu Ēģiptes teritorijā pirmo reizi parādījās lauksaimniecība un izveidojās viena no pirmajām spēcīgajām valstīm uz planētas.
Otrajā "Āfrikas lielāko upju" sarakstā ir Kongo, kura garums ir 4320 km. To uzskata par visizplatītāko visā austrumu puslodē. Upes gaitā tai piekļaujas daudzas pietekas no kontinenta dienvidu un ziemeļu reģioniem. Laika posmā no marta līdz novembrim Kongo galvenokārt baro labās pietekas, bet no septembra līdz martam - kreisās pietekas. Izskaidrojums tam ir pavisam vienkāršs: lietus sezona dažādās kontinentālās daļas puslodēs iekrīt dažādos laikos. Šai niansei ir pozitīva nozīme, jo, pateicoties viņam, upe ir pilna cauru gadu.
Kongo ietekot Atlantijas okeānā, veidojas milzīga grīva, tāpēc ūdens no tās nonāk tālu dziļi upē (līdz 17 kilometriem). Tās ietekmē okeāna virszemes ūdeņi paliek svaigi aptuveni 75 kilometru attālumā no grīvas. Kongo ūdeņi vispirms ir brūnā krāsā un pēc tam dzeltenīgi. Tas izceļas uz zilajiem okeāna ūdeņiem pat trīssimt kilometru attālumā no krasta.
Citas lielākās upes Āfrikā ir Nigēra (4160 km), Zambezi (2660 km) un Oranžas upe (1860 km).