"Bezvalstniecības" laikā pēc Ivana Bargā nāves ar slimo un vājo Fjodoru bojāri uzsāka atklātu cīņu par varu. Spēcīgākais no viņiem bija bijušais oprichnik Godunovs. Pēc Teodora nāves patriarhs Ījabs sapulcināja Zemsky Sobor, lai ievēlētu jaunu suverēnu. Šajā katedrālē pulcējās Patriarha padome, Bojāra dome, apkalpojošie cilvēki un Maskavas komerciālo un rūpniecisko iedzīvotāju pārstāvji. Visticamākie kandidāti bija divi cilvēki: cara svainis Boriss Fjodorovičs Godunovs un cara Fjodora brālēns, Ņikitas Romanoviča vecākais dēls - Fjodors Ņikitičs Romanovs.
Borisa Godunova valdīšanas gadi ienāca sarežģītā laikā Krievijas valsts vēsturē. Tas bija laika posms no 1598. līdz 1605. gadam. Faktiski topošais cars bija pie varas jau slimā Ivana Bargā dēla Fjodora vadībā.
Borisa Godunova valdīšana sākās neviennozīmīgi. 1598. gada februārī Padome piedāvāja troni Borisam, bet viņš atteicās. Lai viņš piekristu, tika organizēts reliģisks gājiens uz Jaunavu klosteri, kur Boriss uzturējās pie savas māsas. Topošais karalis bija spiests piekrist kāpt tronī. Tādējādi Godunova ievēlēšana bija populāra. Tomēr tajā pašā laikātika uzskatīts, ka, lai to panāktu, viņš slepeni izmantoja draudus un kukuļošanu.
Boriss ar karalisti apprecējās tikai 1. septembrī, būdams pārliecināts par tautas vēlēšanu spēku. Borisa Godunova valdīšana visā tās garumā izcēlās ar īpašu piesardzību. Viņš baidījās no viņa varas mēģinājumiem, likvidēja visus bojārus, kas par viņu bija aizdomīgi. Viņa īstais sāncensis bija tikai Fjodors Ņikitičs Romanovs, kā rezultātā visi Romanovi tika tiesāti apsūdzībā par sazvērestību pret suverēnu. Bojāriem cars nepatika, uzskatot viņu par Briesmīgā pēcteci ar muižniecības vajāšanu.
Borisa Godunova valdīšana bija Fjodora politikas turpinājums, pareizāk sakot, ko Godunovs darīja viņa vadībā. Ar visiem līdzekļiem viņš centās atjaunot cilvēku labklājību, kas tika pārkāpta Groznijas laikmetā. Ārpolitikā viņš centās izvairīties no sadursmēm, atturēties no jauniem kariem. Viņam rūpēja taisnīguma nostiprināšana, viņš gribēja būt labs tautas suverēns. Viņš tiešām deva daudz labumu vienkāršajiem cilvēkiem. Trīs gadus pēc kārtas, sākot no 1601. gada, notika ražas neveiksme, kas izraisīja masveida bada nāvi. Boriss organizēja bezmaksas maizes dalīšanu izsalkušajiem no karaliskās kases, uzcēla galvaspilsētā lielas ēkas, lai dotu cilvēkiem ienākumus.
Borisa Godunova valdīšanas laiku pavadīja bads, laupīšana, taču tā nebija viņa vaina. Tomēr tas veicināja neapmierinātības pieaugumu ar karali. Badam sekoja otra nelaime – tautas sacelšanās pašpasludinātajam carevičam Dmitrijam. Šīs cīņas laikā BorissGodunovs negaidīti nomira (1605).
Godunovs lielu nozīmi piešķīra Eiropas izglītībai. Karalis sazinājās ar ārvalstu speciālistiem tehnoloģiju un medicīnas jomā, labprāt uzņēma viņus valsts dienestā. Viņš sūtīja jauniešus uz ārvalstīm, plānoja sakārtot Maskavas skolas svešā veidā. Viņš izveidoja vāciešu militāro vienību pēc ārzemju parauga. Godunova laikā Maskavas valdība nepārprotami bija vērsta uz ciešākiem kontaktiem ar apgaismotajiem Rietumiem un Eiropas zināšanu asimilāciju.
Tātad vairums vēsturnieku īsi apraksta Borisa Godunova valdīšanas laiku. Daudzi šaubās, cik likumīgi viņš ieguva varu, jo uzskata, ka viņa roku darbs bija Briesmīgā dēla Careviča Dmitrija jaunākā slepkavība Ugličā.
